28 Şubat sürecinde ÇOMÜ'de Fen Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü öğretim görevlisi olarak görev yapan Bünyamin Nami Tonka, 1998 yılında sınıfında başörtülü öğrencilerin bulunması sebebiyle birçok kez soruşturmadan geçti. 1998’de eğitim-öğretimin başladığı ilk hafta basın mensupları ÇOMÜ Rektörlüğü'ne hayırlı olsun ziyaretinde bulundu. Bir sınıftan da görüntü almak isteyen basın mensupları, Bünyamin Nami Tonka’nın dersine girerek çekimler yaptı. Görüntülerde birçok başörtülü kız öğrencinin görülmesi üzerine rektörlük tarafından Tonka hakkında arka arkaya soruşturmalar açıldı. Kısa süre sonra üniversite ile ilişiği kesilen Tonka, bir süre Manisa Celal Bayar Üniversitesi'nde görev yaptıktan sonra emekliye ayrılmak zorunda kaldı.
28 Şubat 1997 tarihinde Türkiye’de hiç olmadığı kadar ceberut bir baskı oluştuğunu belirten 28 Şubat mağduru Bünyamin Nami Tonka, "Bu bilhassa akademik dünyada üniversitelerde daha çok imam hatip ve ilahiyat orijinli rektörler görevlerinden alındı. Yerlerine daha seküler dedikleri rektörler atandı. Bir talimat verildiği gibi tahmin ederim. Ne kadar iman ve inanç açısından daha muhafazakar daha mütedeyyin insanlar varsa bunların üniversiteden atılmalarına, bunun yanında iman ve inanç açısından kendi inancını yaşamak isteyen başörtülü kızlarımızın da başörtülerini açmak suretiyle üniversiteye girmelerine yönelik bir baskı oluştu. Ve ikna odaları oluşturuluyordu. Kızlar da bu konuda çok bizardı. Ben Cumhuriyet'in bize bir kazanımı olarak kızlarımızın üniversitede eğitim görmelerinden büyük mutluluk duyuyordum. Hedefimiz de annelerimizin çok kaliteli olmaları açısından kızların okumalarından çok mutluluk duyuyorduk. Sınıflarımızda kız öğrencilerin olması bize gelecek nesillerin daha kaliteli gelişmesi için bir umut vaat ediyordu. Bu yüzden de kız öğrencilerimizin sınıflarda başörtülerini açmalarına karşıydım. Bu yüzden de başörtülerini açtırmadım. Kız öğrencilerimizi en arkaya oturtturdum. Orada dersleri dinlemelerine fırsat tanıdım. Bu konuda şikayetler oluşuyor ve bu şikayetler sonucunda rektörlük benle ilgili soruşturma açmaya başladı. Bir, iki, üç, böyle ve bu arada görev süremizin uzatılma dönemi geldiğinde de biz onların ruh dünyasının dışında olduğumuz için bizim görev süremiz uzatılmadı ve üniversiteden atılmış olduk. Yani çalışan, üreten, bilimin peşinde gitmiş olan ama daha çok mütedeyyin ve muhafazakar bir yapıya sahip olan insanlar, milli değerlere sahip olan insanlar üniversitelerde pek tutulmak istenmedi. Bizim üniversitemizden de 180 kadar arkadaşımızın o birkaç yıl içinde mesela doçentlik unvanı almış olan, bir üst kadrosu onlara verilmedi. Hak etmiş oldukları yerlere unvanlarla ilgili herhangi çalışma yapılmadı ve bizim arkadaşlarımızın büyük bir çoğunluğu mağdur edildi. Mağdur edildiği için de arkadaşlarımızın hepsinin görev sürelerine son verildi. Görev süreleri uzatılmadığı için 180 kadar da bizim üniversitemizden akademik personel başka yerlere gitmek zorunda kaldı. Bir kısmı sokağa atılmış oldu, başka mesleklere yönelmiş oldular ve bunlardan bir tanesi de benim, biz sokağa atılmış olduk. En azından en verimli olduğumuz dönemde, en üretimli olacağımız dönemde bizimle ilgili herhangi bir şey yapılmamış oldu, destek verilmemiş oldu. Tabi ki daha sonraki dönemde mesela üniversitelerde FETÖ'cülerin hiçbir tanesinin atılmadığını gördük. Bu bir Amerikan projesi gibi geldi bana ve FETÖ'cülere kadro açmak için de daha çok milliyetçi, mukaddesatçı bazı arkadaşlarımızın üniversitelerden kovulmasına vesile oldular ki kadro açılmış oldu. Bu bir projeydi ve bu proje uygulanmış oldu" dedi.
Daha sonraki dönemde itibarlarının iade edilmesi konusunda herhangi bir şey yapılmadığını ifade eden Bünyamin Nami Tonka, sözlerine şöyle devam etti: "Bu da bizim yüreğimizde bir yaradır. Benim aslında yüreğimde bir yaradır. En azından tekrar itibarımız iade edilse, tekrar göreve gelseydik ama tekrar ayrılsaydık. Yani biz kendi rızamızla ayrılmış olsaydık daha güzel olur diye düşünüyorum. Bence artık toplumumuzda böyle 28 Şubat gibi kıl tüy meselelerinden, insanlarımızın okumasına engel olacak herhangi bir şeyin olmamasını talep ediyorum. Artık biz daha çok bilimin peşinde koşan, bilimi arayan nesiller yetiştirmemiz lazım. Çocukların saçıyla, kılıyla, başörtüsüyle ilgilenmememiz lazım. Bu şekilde bir gelişmeyi ortaya koymamız lazım. Biz bilimde yarışan nesiller yetişmemiz lazım. Bunu yaparsak Türkiye çağ atlayacaktır. Çok daha güzel yerlere gelecektir diye düşünüyorum."