Büyükekşi, özellikle Suudi Arabistan'da oynatılmak istenen Fenerbahçe-Galatasaray Süper Kupa maçı ve hakemlere yönelik atamalar gibi birçok kontroverziyal konuda tepkilerle karşılaşmıştı. Büyükekşi'nin görevi bırakma kararı, gelen eleştirilerin artmasıyla birlikte geldi.
Büyükekşi'nin başkanlığı döneminde öne çıkan olaylardan biri, Türk futbolunda ender görülen bir durum olan İstanbulspor'un sahadan çekilmesi oldu. Trabzonspor maçında yaşanan hakem kararlarına itiraz eden İstanbulspor Başkanı, takımını sahadan çekmiş ve bu olay büyük yankı uyandırmıştı.
Ayrıca, Suudi Arabistan'da oynatılmak istenen Fenerbahçe-Galatasaray Süper Kupa maçı skandalı da Büyükekşi'nin başkanlık döneminde yaşanan önemli gelişmelerden biriydi. Cumhuriyetin 100. yılında, maçın oynanacağı ülke ve Atatürk posteri yasağı nedeniyle iki takımın sahaya çıkmaması büyük tepki çekmişti.
Büyükekşi'nin atadığı hakemlerle ilgili yaşanan krizler de gündemi meşgul etmişti. FIFA Hakemi Halil Umut Meler'in Ankaragücü Başkanı Faruk Koca tarafından yumruklu saldırıya uğraması, TFF'nin zor bir dönemden geçtiğini gösteren olaylardan biriydi.
Mehmet Büyükekşi'nin yerine geçmesi beklenen isim ise iş insanı Cemil Kazancı olarak açıklandı. Cemil Kazancı, daha önce Beşiktaş yönetim kurulunda görev almış ve Beşiktaş'ın eski sportif direktörü Ceyhun Kazancı'nın kuzeni olarak tanınıyor.
Büyükekşi'nin istifası, Türk futbolu üzerindeki son dönemdeki tartışmalar ve eleştirilere bir cevap olarak değerlendirilebilir. Yeni dönemde TFF'nin başında görev alacak ismin, futbol camiasında nasıl bir değişiklik getireceği ise merakla bekleniyor.